未払残業代を支払った場合の課税関係は、次のとおりです。
１．損害賠償金として未払残業代を支払った場合
① 会社側の取り扱い
　法人税法により、支払った日の属する期の損金となります。
また、支払った日の属する年の給与・賞与と同様に源泉徴収し、源泉税を納付する必要があります。
② 従業員個人側の取り扱い
　所得税法により、支払いを受けた日の属する年の給与所得となります。

２．過去の給与の修正として未払残業代を支払った場合
① 会社側の取り扱い
　法人税法により、支払った日の属する期の損金となります。
また、過年度の給与の支払いとして、年末調整などの修正が必要となります。
② 従業員個人側の取り扱い
　所得税法により、過年度の給与所得として、年末調整や確定申告などの修正が必要となります。
さらに、過年度の給与所得となった場合、社会保険についても過年度の修正が必要となるようです。

　以上のように、同じ未払残業代でも支払った内容により取り扱いが異なります。
　未払残業代に関する税務・労務にお悩みの方は、是非ＣＲＯＳＳＲＯＡＤグループにご相談ください。